Po aplikaci do spojivkového vaku se vstřebávají pouze stopová množství gentamicinu.
Po lokální aplikaci gentamicinu na poraněnou kůži může dojít k určité systémové absorpci. Léčba velkých ploch může vést k plazmatickým koncentracím až 1 mikrogram/ml.
Více než 90 % gentamicinu se vyloučí glomerulární filtrací močí.
Méně než 10 % se váže na plazmatické proteiny.
U osob s normální funkcí ledvin je t1/2 2–3 hodiny, ale může se zvyšovat při poruše funkce ledvin.