Při smíšených intoxikacích, zejména s cyklickými antidepresivy, se při zrušení účinků benzodiazepinů mohou vyskytnout toxické účinky (jako křeče a srdeční arytmie). Existují velmi omezené zkušenosti s akutním předávkováním flumazenilem u lidí. Neexistuje specifické antidotum flumazenilu. Léčba předávkování flumazenilem má spočívat v obecných podpůrných opatřeních včetně monitorování životních funkcí a sledování klinického stavu pacienta.
Ani v případě podání ve vyšších dávkách, než je doporučováno (až 100 mg i.v.) nebyly zaznamenány příznaky předávkování.