Celkové dávky 2,4 g/m2 až 3,5 g/m2 podané intravenózně během tří dní vedly k těžké mukozitidě a myelotoxicitě. U pacientů léčených vyššími, než doporučenými intravenózními dávkami etoposidu byla hlášena metabolická acidóza a případy závažné jaterní toxicity. Podobnou toxicitu lze očekávat u perorální lékové formy. Specifické antidotum není k dispozici. Léčba proto musí být symptomatická a podpůrná a pacient musí být pečlivě sledován. Etoposid a jeho metabolity nelze odstranit dialýzou.