Žádné příznaky předávkování u člověka nejsou známy.
Dávky do 240 mg aplikované intravenózně po dobu dvou minut byly velmi dobře tolerovány. Jelikož se pantoprazol výrazně váže na proteiny, není jednoduché ho dialyzovat.
V případě předávkování s klinickými známkami intoxikace neexistují žádná specifická terapeutická doporučení kromě symptomatické a podpůrné léčby.