Těhotenství Nebyla stanovena bezpečnost pro užívání klarithromycinu během těhotenství. Na základě různých výsledků získaných ze studií na zvířatech a zkušenosti u člověka nelze vyloučit nepříznivé účinky na embryofetální vývoj. Některé observační studie hodnotící expozici klarithromycinu během prvního a druhého trimestru uvádějí zvýšené riziko spontánního potratu ve srovnání se situací, kdy ve stejném období nebyla podávána žádná antibiotika nebo byla podávána jiná antibiotika. Dostupné epidemiologické údaje o riziku závažných vrozených vad po podávání makrolidů včetně klarithromycinu během těhotenství poskytují protichůdné výsledky. Proto se nedoporučuje užívání během těhotenství bez důkladného zvážení přínosů vůči rizikům.
Kojení Bezpečnost klarithromycinu užívaného během kojení novorozenců nebyla stanovena. Klarithromycin je vylučován do mateřského mléka v malém množství. Odhaduje se, že dítě, které je výhradně kojeno, dostane přibližně 1,7% dávky klarithromycinu (v přepočtu na kg tělesné hmotnosti). Protože by se u kojených dětí mohl vyskytnout průjem a mykotické infekce sliznic, kojení musí být přerušeno. Rovněž je nutné mít na paměti možnost senzibilizace. Výhody léčení pro matku musí být porovnány s potenciálním rizikem pro dítě.
Fertilita Nejsou k dispozici žádné údaje o účinku klarithromycinu na fertilitu u lidí. Studie fertility u potkanů neprokázaly žádné škodlivé účinky.