Vyskytly se případy předávkování při dávkách přibližně dvakrát vyšších, než je doporučená léčebná dávka, jenž mohou být fatální. Nejvýznamnějšími hlášenými nežádoucími účinky byly těžká neutropenie a průjem. Z tohoto důvodu se předávkovaní pacienti mají převézt na specializované oddělení. Proti irinotekanu není známé žádné antidotum. Je nutné zahájit podpůrnou léčbu k prevenci dehydratace způsobené průjmem a léčit případné infekční komplikace.