Baklofen zvyšuje výskyt omfalokél u plodů potkanů léčených přibližně třináctinásobkem maximální perorální dávky (mg/kg) doporučované k použití u člověka. U myší ani králíků tato skutečnost zjištěna nebyla.
U samic potkanů léčených po dobu dvou let bylo zjištěno zjevné na dávce závislé zvýšení výskytu ovariálních cyst a méně výrazné zvýšení výskytu zvětšených popřípadě hemoragických nadledvin. Klinický význam těchto zjištění není znám.
Experimenty naznačují, že baklofen nemá kancerogenní nebo mutagenní vlastnosti.