Ve studiích toxicity po opakovaném dávkování byly hlavními nežádoucími účinky nefrotoxicita a ototoxicita. Nebyly provedeny žádné studie mutagenního nebo karcinogenního potenciálu amikacinu. Ve studiích reprodukční toxicity způsobil amikacin u březích potkaních samic a jejich plodů na dávce související nefrotoxicitu a studie reprodukční toxicity u potomků myší, potkanů a králíků ukázaly zvýšenou úmrtnost plodu. Existuje potenciální riziko poškození vnitřního ucha a ledvin plodu, jak bylo pozorováno u třídy aminoglykosidových antibiotik.