S cytarabinem se nemá podávat flucytosin, protože se prokázalo, že při takové léčbě se terapeutická účinnost flucytosinu ruší. Omezená data naznačují, že cytarabin může být působit proti antiinfektivním účinkům flucytosinu, možným mechanismem je kompetitivní inhibice při příjmu antiinfektiv houbami.
Gastrointestinální absorpce perorálního digoxinu ve formě tablet může být značně snížena u pacientů s kombinovanou chemoterapií (zahrnující také režimy obsahující cytarabin), pravděpodobně jako výsledek dočasného poškození intestinální sliznice způsobeného cytotoxickými látkami. U pacientů léčených beta-acetyldigoxinem a chemoterapeutickými režimy zahrnujícími cyklofosfamid, vinkristin a prednison s cytarabinem nebo prokarbazinem nebo bez nich byly pozorovány reverzibilní poklesy rovnovážných hladin koncentrací digoxinu a renální exkrece glykosidů. Zdá se, že rovnovážné koncentrace digitoxinu v plasmě se nezměnily. Proto může být u pacientů léčených podobnými kombinačními chemoterapeutickými režimy indikováno sledování hladin digoxinu v plasmě. Jako alternativu lze u těchto pacientů zvážit podávání digitoxinu.
Studie interakcí in vitro mezi gentamicinem a cytarabinem prokázala existenci antagonismu ohledně citlivosti kmenů Klebsiella pneumoniae souvisejícího s cytarabinem. U pacientů léčených cytarabinem, jimž se podává gentamicin k léčbě infekce Klebsiella pneumoniae, může nepřítomnost rychlé terapeutické odpovědi ukazovat na potřebu přehodnocení antibakteriální léčby.