Aciklovir je primárně eliminován v nezměněném stavu močovými cestami, a to tubulární sekrecí. Léčivé přípravky podávané souběžně, které se eliminují stejným mechanismem, mohou zvyšovat plazmatickou koncentraci acikloviru. Probenecid a cimetidin zvyšují tímto mechanismem AUC acikloviru a snižují jeho renální clearance. Bylo prokázáno, že při paralelním podávání léčivých přípravků dochází ke zvýšení AUC acikloviru a inaktivního metabolitu mofetil-mykofenolátu, imunosupresivního agens užívaného u transplantovaných pacientů. Vzhledem k rozsáhlému terapeutickému indexu acikloviru však není zapotřebí dávkování upravovat.
Experimentální studie u pěti mužů ukazuje, že současná léčba aciklovirem zvyšuje AUC celkově podaného theofylinu přibližně o 50 %. Během současné léčby s aciklovirem se doporučuje měřit plazmatické koncentrace.