Toxicita v důsledku předávkování byla hlášena. Podání dávky 500 mg i.v. dvouletému dítěti mělo za následek smrtelnou intoxikaci. Podání celkem 56 g během 10 dní dospělému pacientovi způsobilo selhání 12 ledvin. U určitých vysoce rizikových stavů (např. v případě závažného poškození ledvin) se mohou objevit vysoké hladiny vankomycinu v séru a ototoxické/nefrotoxické účinky.
Opatření při předávkování • Specifické antidotum není známo. • Je nutná symptomatická terapie a udržování renálních funkcí. Vankomycin se hemodialýzou nebo peritoneální dialýzou odstraňuje špatně. Ke snížení koncentrací vankomycinu v séru byla použita hemofiltrace nebo hemoperfuze polysulfonovými pryskyřicemi.