Sodná sůl rabeprazolu navozuje silnou a dlouhodobou inhibici sekrece žaludeční kyseliny. Může dojít k interakcím se sloučeninami, jejichž absorpce je závislá na hodnotě pH. Současné podávání sodné soli rabeprazolu s ketokonazolem nebo itrakonazolem může vést k významnému poklesu plazmatických hladin antimykotik. Proto může být potřeba jednotlivé pacienty sledovat a stanovit, zda je nezbytné upravit dávku v případě, že se ketokonazol nebo itrakonazol užívají spolu s přípravkem Rapoxol. V klinických hodnoceních studující lékovou interakci při souběžném užívání tekutých lékových forem antacid byla současně s rabeprazolem, přičemž nebyla žádná interakce s tekutými antacidy pozorována. Současné podávání atazanaviru 300 mg/ritonaviru 100 mg s omeprazolem (40 mg jednou denně) nebo atazanaviru 400 mg s lansoprazolem (60 mg jednou denně) zdravým dobrovolníkům vedlo k výraznému snížení expozice atazanaviru. Absorpce atazanaviru je závislá na hodnotě pH. Ačkoliv nebyly provedeny odpovídající studie, podobné výsledky se očekávají i u jiných inhibitorů protonové pumpy. Proto se inhibitory protonové pumpy, včetně rabeprazolu, nesmějí s atazanavirem podávat (viz bod 4.4). Methotrexát Kazuistiky, publikované populační farmakokinetické studie a retrospektivní analýzy naznačují, že současné podávání inhibitorů protonové pumpy a methotrexátu (zvláště při vysokých dávkách; viz informace k předepisování methotrexátu) může zvýšit a prodloužit sérové hladiny methotrexátu
a/nebo jeho metabolitu hydroxymethotrexátu. Nicméně formální studie lékových interakcí mezi methotrexátem a inhibitory protonové pumpy nebyly provedeny.