Po i.v. podání glycerol-trinitrátu je nástup účinku velmi rychlý (desítky sekund až několik minut). Po ukončení aplikace účinek odeznívá během 10 - 20 minut. Glycerol-trinitrát podléhá spontánní hydrolýze v krvi. Mimoto dochází k intenzivní vazbě na erytrocyty a koncentruje se ve stěně cévy. Přes udržování stejného dávkování a při konstatních hladinách nitrátu byl pozorován postupný pokles účinnosti. Vytvořená tolerance zmizí do 24 hodin po vysazení. Při podávání v přiměřených intervalech již rozvoj tolerance nebyl zjištěn. Vazba na plazmatické proteiny činí cca 60%. Eliminační poločas glycerol-trinitrátu je krátký - po nitrožilní aplikaci 2 - 2,5 min. Při odbourávání glycerol-trinitrátu, které probíhá v játrech, ale i v mnoha dalších buňkách, dochází k odštěpení jedné nebo více nitrátových skupin. Současně s metabolizací glycerol-trinitrátu dochází k renální eliminaci jeho metabolitů.
Terapeutický rozsah výše hladiny v krvi. 0,1 ng/ml – 3 (-5) ng/ml.