Absorpce Hydroxychlorochin se po perorálním podání rychle vstřebává. Průměrná biologická dostupnost je přibližně 74%.
Distribuce Je široce distribuován v celém těle, hromadí se v krevních buňkách a dalších tkáních, jako jsou játra, plíce, ledviny a oči. Podíl nalezený v plazmě je vázán na přibližně 50 % plazmatických proteinů.
Biotransformace Je částečně přeměněn na aktivní ethylované metabolity v játrech a vylučován hlavně ledvinami, ve 23 až 25 % v nezměněné podobě, ale také žlučí.
Eliminace Vylučování je pomalé, terminální eliminační poločas je přibližně 50 dní (plná krev) a 32 dní (plazma). Hydroxychlorochin prochází placentou a pravděpodobně se bude podobat chlorochinu při vstupu do mateřského mléka.