Kůra nadledvin produkuje každý den 12 – 30 mg přirozeného hormonu hydrokortisonu. V séru je dosaženo hladiny 5 – 25 μg / 100 ml. Sekrece hydrokortisonu probíhá v cirkadiálních cyklech 8 – epizod za kontroly CNS prostřednictvím ACTH. Nejvyšších plasmatických hladin je dosaženo mezi 3. až 8. hodinou ranní. Poté hladina postupně klesá a nejnižší hladina se vyskytuje mezi 6. a 12. hodinou večerní.
Po orálně aplikované dávce je hydrokortison snadno absorbován z gastrointestinálního traktu. Maximální plasmatické koncentrace je dosaženo přibližně za hodinu. Plasmatického poločasu je dosaženo asi za 90 minut.
Hydrokortison je z více než 90% vázán na plasmatické proteiny (přibližně 75% na transkortin a asi 15% na albumin). Asi 10% představuje volný hydrokortison cirkulující v plasmě.
Transkortin (CBG) má vysokou afinitu k hydrokortisonu. Pokud hladina hydrokortisonu v plasmě přesáhne vazebnou kapacitu (25 μg /100 ml), cirkuluje hydrokortison jako volný nebo je vázán na albumin.
Hydrokortison je metabolizován především v játrech. Z více než 99% je vylučován ve formě glukuronidu nebo sulfátu, 0,5% je vylučováno ledvinami jako nezměněný hydrokortison.