Všechny léky, které ovlivňují hladinu glukózy v krvi, mohou ovlivnit citlivost vyšetření (např. kortikosteroidy, valproát, karbamazepin, fenytoin, fenobarbital a katecholaminy).
V případě, že jsou podávány kolonie stimulující faktory (CSF - colony-stimulating factors), dochází po několik dní ke zvýšené akumulaci fludeoxyglukózy (18F) v kostní dřeni a slezině. K tomuto je nutné přihlédnout při interpretaci PET snímků. Časový odstup nejméně 5 dnů mezi podáním CSF a vyšetřením pozitronovou emisní tomografií může tento vliv snížit.
Podání glukózy a inzulínu ovlivňuje influx fludeoxyglukózy (18F) do buněk. V případě vysokých hladin krevní glukózy a nízkých hladin inzulínu v plazmě je influx fludeoxyglukózy (18F) do orgánů a nádorů snížen.
Nebyly provedeny žádné oficiální studie interakce mezi fludeoxyglukózou (18F) a jinými kontrastními látkami určenými pro počítačovou tomografii.