Kombinovaná léčba je také předmětem odstavce „Zvláštní upozornění a opatření pro použití“. Perorální antikoagulancia: zvýšený antikoagulační efekt a zvýšené riziko krvácení (vytěsněním antikoagulancia z vazebných míst plazmatických bílkovin). Při zahájení léčby fenofibrátem se doporučuje snížit dávku perorálního antikoagulancia o jednu třetinu a v případě potřeby pak jeho dávku dále přizpůsobit na základě hodnot naměřených dle INR.
Obecně se nedoporučuje kombinovat toto léčivo s inhibitory HMG-CoA reduktázy. Existuje zde riziko výskytu toxického účinku na svaly, zejména v případě již existujícího onemocnění svalů. Proto by měla být kombinovaná léčba fenofibrátem a statiny vyhrazena pouze pro pacienty s těžkou kombinovanou dyslipidémií a vysokým rizikem výskytu kardiovaskulární příhody a bez jakéhokoliv předešlého poškození svalů. Možné nežádoucí účinky na svaly musejí být pečlivě monitorovány. Během současného podávání fenofibrátu a cyklosporinu byly zaznamenány závažné případy reverzibilního poškození ledvinných funkcí. Proto musí být funkce ledvin těchto pacientů pečlivě monitorovány a léčba fenofibrátem by měla být ukončena v případě vážné změny laboratorních parametrů.