Klotrimazol se metabolizuje v játrech oxidací a štěpením imidazolového kruhu (dezaminace, O-dezalkylace) na inaktivní hydroxyderiváty a vylučuje se převážně žlučí a následně stolicí.
Farmakokinetické studie po kožním a vaginálním podání ukázaly, že vstřebávání klotrimazolu je nízké (< 2% a 3 - 10% dávky, podle pořadí) s výslednými maximálními plazmatickými koncentracemi léčiva <10 ng/ml.