Cidofovir se vylučuje převážně renálně v nezměněné formě, a to jak glomerulární filtrací, tak tubulární sekrecí. U pacientů s normální funkcí ledvin se 80 až 100 % intravenózní dávky vyloučí močí jako nezměněný cidofovir za 24 hodin. V séru ani v moči pacientů nebyly zjištěny žádné metabolity cidofoviru. Na konci hodinové infuze cidofoviru v dávce 5 mg/kg podaného současně s perorálním probenecidem byla střední sérová koncentrace (±SD) cidofoviru 19,6 (±7,18) μg/ml. Střední hodnota celkové sérové clearance byla 138 (±36) ml/h/kg, průměrná hodnota distribučního objemu v ustáleném stavu byla (±125) ml/kg a průměrná hodnota terminálního eliminačního poločasu byla 2,2 (±0,5) h. U jednorázově podaných dávek cidofoviru podávaného v dávkovacím rozmezí 3-7,5 mg/kg byla prokázána kinetika nezávislá na dávce.
Vazba na bílkoviny in vitro Vazba cidofoviru in vitro na bílkoviny plazmy nebo séra byla 10 % nebo menší v rozmezí koncentrací cidofoviru 0,25-25 μg/ml.