Ze střeva se absorbuje asi třetina celkového množství kalcia podaného per os ve formě přípravku Calcium Pharmavit. Výše absorbovaného podílu závisí na přítomnosti metabolitů vitaminu D, na pH střevního lumen a na řadě dietetických faktorů. Absorbovaný podíl se zvyšuje u pacientů s nedostatkem kalcia a při dietě s nízkým obsahem kalcia. U pacientů s hypochlorhydrií a achlorhydrií je absorpce kalcia z karbonátu snížena. Po absorpci se cca 45 % kalcia váže na bílkoviny krevní plazmy, cca 95 % volného kalcia je v ionizované formě. Vápník se vylučuje především močí, značný podíl se reabsorbuje v tubulech. Část podaného kalcia se vylučuje stolicí; jde jednak o neabsorbovaný podíl, jednak o kalcium vyloučené žlučí a pankreatickým sekretem. Kalcium prostupuje placentární bariérou a vylučuje se také do mateřského mléka. Běžný denní příjem vápníku se obvykle pohybuje kolem 1,0 g.