Ve studiích subchronické toxicity u psů (1 měsíc), králíků (1 měsíc) a potkanů (3 měsíce) s dávkami rovnými nebo, u některých druhů, nižšími než jsou klinické terapeutické dávky od 1 do 3 mg/kg/den, byly toxicitou L-AmB zasaženy játra a ledviny a také byla pozorována trombocytopenie. Jde o známé cíle toxicity amfotericinu B.
L-AmB neměl v bakteriálních a savčích systémech mutagenní účinky.
Nebyly provedeny žádné studie kancerogenity L-AmB.
Nebyly zaznamenány žádné nežádoucí účinky na reprodukční funkci samců a samic potkanů.