Lokálně aplikovaný benzoyl-peroxid je během průniku kůží, zejména koriem, metabolizován na kyselinu benzoovou. Kůží pak pronikne do krevního oběhu výhradně tento metabolit a to jen v mizivé koncentraci. Dokonce i při extrémních podmínkách aplikace nepřekračuje absorpce kyseliny benzoové dávku 500 mg denně. Kyselina benzoová je pak ihned v nezměněné formě vyloučena z organizmu ledvinami. Konjugace s kyselinou hippurovou, ke které dochází při perorálním podání benzoyl-peroxidu, se pravděpodobně vůbec neuskutečňuje.