Antitusika: Antitusika mohou snížením kašlacího reflexu vyvolat nebezpečné hromadění hlenů v dýchacích cestách, proto antitusika a mukolytika (jako je acetylcystein) nemají být podávána současně.
Antibiotika: Acetylcystein může snižovat účinnost některých antibiotik. In vitro byly popsány interakce s aminoglykosidy, cefalosporiny, polosyntetickými peniciliny a tetracykliny. Současnému podávání těchto antibiotik a acetylcysteinu je proto třeba se vyhnout; acetylcystein se smí podat nejdříve za 2 hodiny po perorálním podání některého z výše uvedených antibiotik. To však neplatí pro cefixim a lorakarbef. Inaktivace těchto antibiotik byla dosud popsána pouze in vitro při bezprostředním smísení s acetylcysteinem. Nebyla však nalezena u amoxicilinu, cefuroximu, doxycyklinu, erythromycinu a thiamfenikolu.
Glycerol-trinitrát (nitroglycerin): Acetylcystein může zesílit vazodilatační účinek nitroglycerinu a prohloubit antiagregační působení na trombocyty. Doporučuje se opatrnost.
Aktivní uhlí ve vysokých dávkách (jako antidotum) může snižovat účinnost acetylcysteinu.
Ovlivnění laboratorních výsledků Acetylcystein může interferovat s kolorimetrickou metodou stanovení obsahu u měření salicylátů. Acetylcystein může interferovat s testem na ketony v moči.